Class VolumeData

java.lang.Object
org.jmol.jvxl.data.VolumeData

public class VolumeData extends Object
  • Field Details

    • sr

      public SurfaceReader sr
    • doIterate

      public boolean doIterate
    • volumetricOrigin

      public final javajs.util.P3 volumetricOrigin
    • origin

      public final float[] origin
    • volumetricVectors

      public final javajs.util.V3[] volumetricVectors
    • voxelCounts

      public final int[] voxelCounts
    • nPoints

      public int nPoints
    • voxelData

      private float[][][] voxelData
    • voxelMap

      private Map<Integer,Float> voxelMap
    • volumetricVectorLengths

      public final float[] volumetricVectorLengths
    • maxVectorLength

      private float maxVectorLength
    • minToPlaneDistance

      private float minToPlaneDistance
    • yzCount

      private int yzCount
    • unitVolumetricVectors

      public final javajs.util.V3[] unitVolumetricVectors
    • volumetricMatrix

      private final javajs.util.M3 volumetricMatrix
    • inverseMatrix

      private final javajs.util.M3 inverseMatrix
    • thePlane

      private javajs.util.P4 thePlane
    • thePlaneNormalMag

      private float thePlaneNormalMag
    • ptXyzTemp

      private final javajs.util.P3 ptXyzTemp
    • xmlData

      public String xmlData
    • mappingPlane

      public javajs.util.P4 mappingPlane
    • mappingPlaneNormalMag

      float mappingPlaneNormalMag
    • minGrid

      public float minGrid
    • maxGrid

      public float maxGrid
    • voxelVolume

      public float voxelVolume
    • oabc

      public javajs.util.V3[] oabc
    • isPeriodic

      public boolean isPeriodic
    • isSquared

      private boolean isSquared
    • edgeVector

      private final javajs.util.V3 edgeVector
    • ptTemp

      private javajs.util.P3 ptTemp
  • Constructor Details

    • VolumeData

      public VolumeData()
  • Method Details

    • getVoxelData

      public float[][][] getVoxelData()
    • setVoxelDataAsArray

      public void setVoxelDataAsArray(float[][][] voxelData)
    • hasPlane

      public boolean hasPlane()
    • setMappingPlane

      public void setMappingPlane(javajs.util.P4 plane)
    • distanceToMappingPlane

      public float distanceToMappingPlane(javajs.util.T3 pt)
    • setVolumetricOrigin

      public void setVolumetricOrigin(float x, float y, float z)
    • getOriginFloat

      public float[] getOriginFloat()
    • getYzCount

      public int getYzCount()
    • getVolumetricVectorLengths

      public float[] getVolumetricVectorLengths()
    • setVolumetricVector

      public void setVolumetricVector(int i, float x, float y, float z)
    • getVoxelCounts

      public int[] getVoxelCounts()
    • setVoxelCounts

      public int setVoxelCounts(int nPointsX, int nPointsY, int nPointsZ)
    • getVoxelDataAt

      public float getVoxelDataAt(int pt)
    • getPointIndex

      public int getPointIndex(int x, int y, int z)
    • getPoint

      public void getPoint(int ipt, javajs.util.P3 pt)
    • setVoxelData

      public void setVoxelData(int pt, float value)
    • setVoxelMap

      public void setVoxelMap()
    • setMatrix

      private boolean setMatrix()
    • transform

      public void transform(javajs.util.V3 v1, javajs.util.V3 v2)
    • setPlaneParameters

      public void setPlaneParameters(javajs.util.P4 plane)
    • calcVoxelPlaneDistance

      public float calcVoxelPlaneDistance(int x, int y, int z)
    • getToPlaneParameter

      public float getToPlaneParameter()
    • isNearPlane

      public boolean isNearPlane(int x, int y, int z, float toPlaneParameter)
    • distancePointToPlane

      public float distancePointToPlane(javajs.util.T3 pt)
    • voxelPtToXYZ

      public void voxelPtToXYZ(int x, int y, int z, javajs.util.T3 pt)
    • setUnitVectors

      public boolean setUnitVectors()
    • xyzToVoxelPt

      public void xyzToVoxelPt(float x, float y, float z, javajs.util.T3i pt3i)
    • lookupInterpolatedVoxelValue

      public float lookupInterpolatedVoxelValue(javajs.util.T3 point, boolean getSource)
    • mantissa

      private float mantissa(float f)
    • getVoxelValue

      public float getVoxelValue(int x, int y, int z)
    • getFractional2DValue

      public static float getFractional2DValue(float fx, float fy, float x11, float x12, float x21, float x22)
    • indexLower

      private int indexLower(float x, int xMax)
      periodic grids should have val[0] == val[xMax] voxelCount: 1....2....3....4....5 xMax/index: 0....1....2....3....4.... nonper. ^ ---> [0,0] ^ --> [4, 4] periodic ^ ---> [3,4] ^ --> [0, 1]
      Parameters:
      x -
      xMax -
      Returns:
      lower index in range
    • indexUpper

      private int indexUpper(float x, int xLower, int xMax)
    • offsetCenter

      void offsetCenter(javajs.util.P3 center)
    • setDataDistanceToPlane

      public void setDataDistanceToPlane(javajs.util.P4 plane)
    • filterData

      public void filterData(boolean isSquared, float invertCutoff)
    • capData

      public void capData(javajs.util.P4 plane, float cutoff)
    • setVolumetricXml

      public String setVolumetricXml()
    • setVoxelMapValue

      public void setVoxelMapValue(int x, int y, int z, float v)
      for sparse data mapping, as for a plane
      Parameters:
      x -
      y -
      z -
      v -
    • calculateFractionalPoint

      public float calculateFractionalPoint(float cutoff, javajs.util.P3 pointA, javajs.util.P3 pointB, float valueA, float valueB, javajs.util.P3 pt)